EMR işlemi genel olarak yüksek derecede güvenli bir uygulamadır. Nadiren de olsa, işleme bağlı olarak lokal kanama veya perforasyon gibi komplikasyonlar gelişebilir. Bu nedenle, uygulamanın alanında deneyimli hekimler tarafından ve uygun donanıma sahip merkezlerde gerçekleştirilmesi büyük önem taşımaktadır.