ईएमआर प्रक्रिया आम तौर पर एक अत्यधिक सुरक्षित अनुप्रयोग है। दुर्लभ रूप से, प्रक्रिया के कारण स्थानीय रक्तस्राव या वेध जैसी जटिलताएँ विकसित हो सकती हैं। इसलिए, यह अत्यंत महत्वपूर्ण है कि यह प्रक्रिया अपने क्षेत्र के अनुभवी चिकित्सकों द्वारा और उचित रूप से सुसज्जित केंद्रों में की जाए।