El ayak ağız hastalığının en sık karşılaşılan komplikasyonu dehidrasyondur. Hastalık, ağız ve boğazda ağrılı lezyonlara neden olarak yutmayı güçleştirebilir. Bu nedenle, hastaların, özellikle çocukların, yeterli sıvı alımını sürdürmeleri dehidrasyonu önlemek için hayati öneme sahiptir. Şiddetli dehidrasyon durumlarında hastanede intravenöz (IV) sıvı tedavisi gerekebilir.

Genellikle hafif seyirli bir hastalık olmasına rağmen, El ayak ağız hastalığı nadiren ciddi komplikasyonlara yol açabilir. Hastalığa neden olan enterovirüsler, bazı durumlarda merkezi sinir sistemine ulaşarak yaşamı tehdit eden durumlara neden olabilir. Bu potansiyel ciddi komplikasyonlar şunlardır:

* Viral Menenjit: Beyni ve omuriliği çevreleyen zarların (meninksler) ve beyin omurilik sıvısının enfeksiyonu ve iltihaplanmasıdır.
* Ensefalit: Beyin iltihabını içeren, ciddi ve potansiyel olarak yaşamı tehdit eden bir hastalıktır.