Kemik iliği biyopsisi genellikle sedasyon altında yapıldığından hasta işlem sırasında ağrı duymaz. Lokal anestezi altında yapılırsa hasta hafif bir acı veya iğnenin hareketinden kaynaklanan hafif bir itme veya çekme hissedebilir. İşlem sonrası hafif kemik ağrısı olabilir, ancak bu ağrı basit ağrı kesicilerle kontrol altına alınır ve genellikle birkaç gün içinde kendiliğinden geçer.