Kolposkopi işlemi sırasında kolposkop cihazı vajinaya girmediği için genellikle herhangi bir ağrı veya acı hissedilmez. Ancak, rahim ağzını açıkça görüntüleyebilmek adına kullanılan vajinal spekulum nedeniyle hafif bir baskı hissi oluşabilir. Daha net bir görsel elde etmek için serviksi temizlemek amacıyla uygulanan özel solüsyonlar, kısa süreli bir batma veya yanma hissine neden olabilir. Eğer kolposkopi sırasında şüpheli alanlar tespit edilir ve biyopsi alınması gerekirse, hissedilen deneyim biyopsinin yapılacağı bölgeye göre değişiklik gösterebilir: Rahim ağzı (servikal bölge) sinir uçları bakımından zengin olmadığı için bu alandan yapılan biyopsiler genellikle ağrılı değildir; hastalar hafif bir baskı veya adet kramplarına benzer bir his yaşayabilir. Bununla birlikte, vajinanın alt kısımlarından veya vulvadan alınan biyopsiler daha hassas olabilir ve ağrıya yol açabilir. Birden fazla bölgeden örnek alınması gereken veya hastanın konforunu artırmak amacıyla bazı durumlarda lokal anestezi uygulanabilir.