Çikolata kisti olarak da bilinen endometriomalar genellikle kendiliğinden geçmez. En etkili tedavi yaklaşımı cerrahi olarak çıkarılmasıdır. Bazı ilaçlar semptomları yönetmeye ve kist büyümesini yavaşlatmaya yardımcı olsa da, kistleri genellikle yok etmez. Bir kistin yırtılması durumunda, içeriği karın boşluğuna dökülebilir. Ancak, kist duvarı tamamen çıkarılmazsa, tekrarlama riski önemli ölçüde yüksek kalır.