Poliplerin kolonoskopik olarak çıkarılması sonrasında, başlıca potansiyel komplikasyon işlem yerinde kanamadır. Bu kanama genellikle ek kolonoskopik girişimlerle yönetilebilir ve durdurulabilir. Diğer olası komplikasyonlar arasında enfeksiyon ve bağırsak delinmesi yer almaktadır.