Çocuklarda yapılan ekokardiyografi, yetişkinlerdeki işlemden farklı değildir. Çocukların dikkatini çekecek oyun ve materyallerle donatılmış odalarda gerçekleştirilir. İşlem radyasyon içermez ve acı vermez. Ancak çocuğun üstünü kolayca çıkarabilmek için rahat kıyafetler giymesi önemlidir. Ekrandaki renkler konusunda endişelenmeye gerek yoktur; bunlar kan akış yönünü gösterir. Ekokardiyografide kalp boşluklarının boyutu ve kalınlığı ölçülür, kalp kapaklarının kan pompalama fonksiyonu değerlendirilir. Ayrıca kalbin yapısal anormallikleri, kalp etrafındaki sıvı birikimi, kalp kitleleri, kalp hareketi, kapak şekli, kapak darlıkları ve kaçakları tespit edilebilir.