El, ayak ve ağız hastalığı için spesifik bir tedavi bulunmamaktadır. Tedavi, hastalığın semptomlarını hafifletmeye odaklanır ve belirtiler genellikle 7 ila 10 gün içinde kendiliğinden düzelir. Ağızdaki yaraların neden olduğu ağrıyı hafifletmek amacıyla topikal oral anestezikler ile ağrı kesici ve ateş düşürücü ilaçlar kullanılabilir.
İyileşme sürecini desteklemek için bol sıvı tüketimi, lif ve probiyotik açısından zengin gıdalarla beslenme önemlidir. Hasta çocukların hastalık süresince dinlenmesi sağlanmalıdır. Dört yaş ve üzeri çocuklar için ıhlamur veya adaçayı gibi bitkisel destekler de düşünülebilir.
Çocuğun rahat etmesi ve semptomların şiddetini azaltmak amacıyla, aşırı sıcak yiyecek ve içeceklerden kaçınılmalı, yumuşak gıdalar tercih edilmelidir. Ağızdaki ağrılı kabarcıkları tahriş etmemek için turunçgillerden ve soda gibi asitli içeceklerden uzak durulması faydalıdır. Ayrıca, ılık tuzlu su ile gargara yapmak da çocuğun ağzını rahatlatabilir. Bu hastalık, çocuklarda sıkça görülen bir viral enfeksiyondur.