Kıl kurdu enfeksiyonları için hem reçetesiz satılan hem de reçeteli antihelmintik ilaçlar bulunmaktadır. Tedavi genellikle iki hafta arayla uygulanan iki dozdan oluşur. Enfeksiyonun yeniden bulaşmasını ve yayılmasını önlemek amacıyla, çoğu durumda enfekte bireyle birlikte hane halkı üyeleri ve bakıcıların da aynı anda tedavi görmesi önerilir. Tedavi süresince ve tüm dozlar tamamlanana kadar titiz hijyen kurallarına uyulması esastır.

Protozoal bağırsak enfeksiyonları ise her zaman tedavi gerektirmeyebilir. Hafif enfeksiyonlar, sağlıklı bireylerde genellikle birkaç hafta içinde kendiliğinden düzelir. Bununla birlikte, şiddetli veya kalıcı enfeksiyonlar ve bağışıklık sistemi zayıf olan kişilerdeki enfeksiyonlar genellikle ilaç tedavisi gerektirir. Hekimler, spesifik parazit tipine bağlı olarak çeşitli antiparaziter ilaçlar reçete edebilir. İshal durumunda, komplikasyonları önlemek için yeterli sıvı alımının sağlanması da kritik öneme sahiptir.