Für Madenwurminfektionen sind sowohl rezeptfreie als auch verschreibungspflichtige anthelmintische Medikamente erhältlich. Die Behandlung umfasst in der Regel zwei Dosen, die im Abstand von zwei Wochen verabreicht werden. Um eine Reinfektion und Ausbreitung zu verhindern, wird in den meisten Fällen empfohlen, dass Haushaltsmitglieder und Pflegekräfte gleichzeitig mit der infizierten Person behandelt werden. Strenge Hygienemaßnahmen sind während des gesamten Behandlungszeitraums und bis zur Einnahme aller Dosen unerlässlich.

Protozoale Darminfektionen erfordern jedoch nicht immer eine Behandlung. Leichte Infektionen bei gesunden Personen klingen oft innerhalb weniger Wochen spontan ab. Schwere oder persistierende Infektionen sowie Infektionen bei Personen mit geschwächtem Immunsystem erfordern in der Regel jedoch Medikamente. Ärzte können je nach spezifischer Parasitenart verschiedene antiparasitäre Medikamente verschreiben. Bei Durchfall ist es zudem von entscheidender Bedeutung, eine ausreichende Flüssigkeitszufuhr sicherzustellen, um Komplikationen vorzubeugen.