Ablasyon tedavileri, özellikle cerrahi ablasyon, bazı potansiyel yan etkiler ve riskler taşıyabilir. Ancak, ablasyon tedavisi uygulanan her hastada bu komplikasyonların görüleceği garanti değildir.

Ablasyon tedavisi ile ilişkili olası riskler şunlardır:
Kan pıhtıları
Katetere bağlı damar hasarı
Akciğerler ve kalp arasındaki kan damarlarının daralması
Enfeksiyon veya kanama
Nadir durumlarda felç ve kalp krizi