Ülser ağrısı tipik olarak karnın üst kısmında, özellikle tok karnına ortaya çıkan kemirici veya yanıcı bir his olarak kendini gösterir. Bu ağrılar dönemsel olarak şiddetlenebilir ve onikiparmak ülseri olan kişilerde gecenin herhangi bir saatinde uykudan uyandırabilecek kadar şiddetli olabilir.