Bebeklerde reflü tanısı için anestezi altında endoskopi, invaziv bir yöntem olması nedeniyle genellikle tercih edilmez. Tanıdan çok tedavi odaklı bir yaklaşımla, semptomlara yönelik deneme tedavileri ön planda tutulur. Reflü şüphesi durumunda, mide asidini baskılayıcı ilaçlar reçete edilebilir. Şişkinlik, seyrek dışkılama ve sürekli geğirme gibi belirtiler mide hareketliliğinin yetersiz olduğunu gösterebilir; bu durumlarda mide hareketlerini artırıcı ilaçlar düşünülebilir. Beslenme düzeni olarak, bebekler az miktarda ve sık sık beslenmelidir. Gece beslenmesi yatmadan en az 2 saat önce tamamlanmalıdır. Her beslenme sonrası bebek en az 45 dakika dik pozisyonda tutulmalıdır. Reflü yastıkları faydalı olmakla birlikte, uyku sırasında bebeğin başının en az 30 derece yükseltilmiş olması da önemlidir. Katı gıdaya geçmiş bebeklerde ise mandalina, portakal, çilek (yüksek alerji riski nedeniyle), gazlı içecekler, kakao içeren çikolatalar, fındık ve fıstık gibi reflüyü tetikleyebilecek gıdalardan kaçınılmalıdır.