Kawasaki hastalığı, özellikle koroner arterleri etkileme potansiyeli olan ancak erken teşhis ve uygun tedavi ile yönetilebilir bir durumdur. Koroner arter tutulumu olmaksızın erken dönemde tanı konulan vakalar, genellikle başarılı sonuçlar vermektedir. Hastalığın genel ölüm oranı binde birin altındadır.