Sağlıklı bireylerin bağışıklık sistemi genellikle protozoa bağırsak parazitleriyle başarılı bir şekilde mücadele edebilir ve enfeksiyon ile ilişkili ishal gibi belirtiler birkaç hafta içinde kendiliğinden düzelebilir. Ancak, bağışıklık sistemi zayıflamış kişilerde bağırsak parazitleri hayati risk taşıyan komplikasyonlara yol açabilir. Bu komplikasyonlar arasında şiddetli dehidratasyon, malnütrisyon, tehlikeli kilo kaybı ve parazitlerin solunum yolları gibi vücudun diğer bölgelerine yayılması sayılabilir. Bu nedenle, bağırsak parazitleri hafife alınmamalıdır; belirtiler ortaya çıktığında vakit kaybetmeden bir sağlık uzmanına başvurulması büyük önem taşımaktadır.