जबकि मजबूत प्रतिरक्षा प्रणाली वाले व्यक्ति अक्सर प्रोटोजोआ आंतों के परजीवियों से प्रभावी ढंग से लड़ सकते हैं, जिससे कुछ हफ्तों के भीतर दस्त जैसे संबंधित लक्षणों का समाधान हो जाता है, कमजोर प्रतिरक्षा प्रणाली वाले लोगों के लिए स्थिति काफी भिन्न होती है। प्रतिरक्षाहीन व्यक्तियों के लिए, आंतों के परजीवी जानलेवा जटिलताओं का कारण बन सकते हैं। इनमें गंभीर निर्जलीकरण, कुपोषण, खतरनाक वजन घटाना और परजीवियों का शरीर के अन्य भागों, जैसे श्वसन तंत्र में फैलना शामिल हो सकता है। परिणामस्वरूप, आंतों के परजीवी संक्रमणों को कम करके नहीं आंकना चाहिए। लक्षणों के प्रकट होने पर तुरंत स्वास्थ्य देखभाल पेशेवर से परामर्श करना महत्वपूर्ण है।