Akciğer embolisi tedavisi genellikle en az altı ay sürer. Hastalığın şiddetine bağlı olarak, tedavinin bir kısmı hastanede yatış gerektirebilir. Protein C eksikliği, Faktör V Leiden mutasyonu veya antitrombin III eksikliği gibi genetik yatkınlıkların bulunduğu durumlarda ise, hastanın hayat boyu kan sulandırıcı ilaç kullanması gerekebilir.