Die Behandlung einer Lungenembolie dauert in der Regel mindestens sechs Monate. Je nach Schweregrad der Erkrankung kann ein Teil der Behandlung einen Krankenhausaufenthalt erfordern. Bei genetischen Prädispositionen wie Protein-C-Mangel, Faktor-V-Leiden-Mutation oder Antithrombin-III-Mangel kann es erforderlich sein, dass der Patient lebenslang gerinnungshemmende Medikamente einnehmen muss.