Лечение тромбоэмболии легочной артерии обычно длится не менее шести месяцев. В зависимости от тяжести состояния, часть лечения может потребовать госпитализации. В случаях генетической предрасположенности, такой как дефицит протеина С, мутация фактора V Лейдена или дефицит антитромбина III, пациенту может потребоваться пожизненный прием антикоагулянтов.