Капсульная эндоскопия имеет несколько недостатков. В отличие от традиционных эндоскопических процедур, она не обеспечивает визуализацию в реальном времени или контроль со стороны врача, что означает невозможность повторного обследования определенных областей, просмотра под разными углами или очистки от мешающих выделений для лучшей оценки. Кроме того, она не позволяет проводить биопсию, которая часто необходима для окончательной диагностики обнаруженных поражений, таких как полипы, язвы, места кровотечения или новообразования. Капсульная эндоскопия также не обладает терапевтическими возможностями; например, она может обнаружить кровотечение, но не может вмешаться, чтобы остановить его. Наконец, процедура часто дорогостоящая и может не покрываться многими страховыми компаниями.