L'endoscopie capsulaire présente plusieurs inconvénients. Contrairement aux procédures endoscopiques traditionnelles, elle n'offre pas de visualisation en temps réel ni de contrôle par le médecin, ce qui signifie que des zones spécifiques ne peuvent pas être réexaminées, vues sous différents angles, ou dégagées des sécrétions obstruantes pour une meilleure évaluation. De plus, elle ne permet pas de réaliser des biopsies, lesquelles sont cruciales pour le diagnostic définitif des lésions détectées telles que les polypes, les ulcères, les sites de saignement ou les masses. L'endoscopie capsulaire est également dépourvue de capacités thérapeutiques ; par exemple, elle peut identifier un saignement mais ne peut pas intervenir pour l'arrêter. Enfin, la procédure est souvent coûteuse et peut ne pas être couverte par de nombreux assureurs.