Процедура ЭМР в целом является очень безопасной. Однако, редко могут развиться осложнения, такие как местное кровотечение или перфорация, связанные с процедурой. Поэтому крайне важно, чтобы процедура выполнялась опытными врачами в своей области и в надлежащим образом оборудованных центрах.