Das EMR-Verfahren ist im Allgemeinen eine sehr sichere Anwendung. Selten können jedoch Komplikationen wie lokale Blutungen oder Perforationen aufgrund des Verfahrens auftreten. Daher ist es von großer Bedeutung, dass der Eingriff von erfahrenen Ärzten auf ihrem Gebiet und in entsprechend ausgestatteten Zentren durchgeführt wird.