Ведение микроскопического колита в целом менее сложно по сравнению с другими формами колита. Оно часто демонстрирует спонтанное разрешение. Лишь небольшая часть пациентов требует долгосрочного терапевтического вмешательства. Лечение обычно включает диетические изменения и медикаменты, направленные на облегчение симптомов, в частности диареи.