El manejo de la colitis microscópica es generalmente menos complejo en comparación con otras formas de colitis. A menudo muestra una resolución espontánea. Solo un pequeño subconjunto de pacientes requiere una intervención terapéutica a largo plazo. El tratamiento típicamente implica modificaciones dietéticas y medicamentos destinados al alivio de los síntomas, particularmente la diarrea.