Cerrahi, fistül tedavisinin temelini oluşturur. Ancak doğru yöntemin seçimi son derece önemlidir; çünkü cerrahi müdahalenin amacı, gaz ve dışkı kontrolünü koruyarak fistülü tamamen ortadan kaldırmaktır. Fistül tipine bağlı olarak uygulanan cerrahi yöntemler arasında fistülotomi, gevşek seton yerleştirilmesi, fistülektomi + sfinkter tamiri, LIFT yöntemi, kaydırma flepleri, modifiye Hanley prosedürü ve fibrin yapıştırıcıları bulunur.