La chirurgie constitue le fondement du traitement des fistules. Cependant, le choix de la bonne technique est crucial. En effet, l'objectif du traitement chirurgical est d'éradiquer la fistule tout en préservant la continence gazeuse et fécale. Les techniques chirurgicales utilisées varient selon le type de fistule et comprennent : la fistulotomie, la pose d'un seton lâche, la fistulectomie + réparation sphinctérienne, la technique LIFT, les lambeaux de glissement, la procédure de Hanley modifiée, et les adhésifs à base de fibrine.