A colonoscopia é geralmente um procedimento seguro. No entanto, como em qualquer procedimento médico, existem alguns riscos e complicações potenciais. Estes riscos são geralmente raros, mas podem ocorrer durante ou após o procedimento e podem incluir: Sangramento; Infecção; Formação de divertículos (protuberâncias na parede do cólon); Dor abdominal severa; Reações adversas a sedativos ou anestésicos usados durante o procedimento; Perfuração da parede do cólon ou do reto; Complicações graves, como eventos cardiovasculares, particularmente em indivíduos com doenças cardíacas ou dos vasos sanguíneos.