O tratamento para embolia pulmonar geralmente dura pelo menos 6 meses. Dependendo da gravidade da doença, uma parte do tratamento pode exigir hospitalização. Em casos de predisposição hereditária, como deficiência de Proteína C, mutação do Fator V Leiden ou deficiência de antitrombina III, o paciente pode precisar continuar usando anticoagulantes por toda a vida.