A duração dos tratamentos com células-tronco varia conforme o método aplicado. Em aplicações realizadas por injeção, a coleta de células-tronco geralmente leva cerca de 15-20 minutos. Subsequentemente, dependendo do protocolo utilizado, o processo de isolamento das células-tronco pode variar de 45 minutos a 2 horas. A injeção em si leva aproximadamente 1 minuto. Enquanto as fases de coleta e injeção são realizadas com o paciente, o processo de isolamento é executado independentemente do paciente, durante o qual o paciente pode descansar. Contudo, para procedimentos de células-tronco realizados cirurgicamente utilizando carreadores chamados matrizes, a duração total pode ser de até 1-2 horas, dependendo da complexidade do procedimento cirúrgico.