Die Dauer von Stammzellbehandlungen variiert je nach angewandter Methode. Bei Anwendungen mittels Injektion dauert die Entnahme von Stammzellen typischerweise etwa 15-20 Minuten. Anschließend kann der Prozess der Stammzellisolation, abhängig vom verwendeten Protokoll, zwischen 45 Minuten und 2 Stunden variieren. Die Injektion selbst dauert ungefähr 1 Minute. Während die Entnahme- und Injektionsphasen gemeinsam mit dem Patienten durchgeführt werden, erfolgt der Isolationsprozess unabhängig vom Patienten, wobei der Patient in dieser Zeit ruhen kann. Bei Stammzellverfahren, die chirurgisch unter Verwendung von Trägern namens Matrizen durchgeführt werden, kann die Gesamtdauer jedoch je nach Komplexität des chirurgischen Eingriffs bis zu 1-2 Stunden betragen.