Micropênis é uma condição congênita que tipicamente surge devido a várias deficiências hormonais fetais. Entre essas deficiências, a mais comum é o hipogonadismo hipogonadotrófico, caracterizado por uma diminuição nos níveis de hormônios masculinos. O micropênis também pode estar associado a síndromes genéticas ou desenvolver-se como resultado de condições idiopáticas (de causa desconhecida). Por outro lado, a brevidade peniana pode estar ligada a certas condições médicas e cirúrgicas. Essas condições podem ser observadas em pacientes submetidos à prostatectomia radical para câncer de próstata, indivíduos com doença de Peyronie e aqueles com anomalias congênitas.