A biópsia hepática é geralmente um procedimento seguro quando realizada por um médico especialista. No entanto, como qualquer procedimento médico, ela acarreta um pequeno grau de riscos inerentes. Os pacientes podem sentir dor na área das costelas e no ombro direito após a biópsia. O sangramento é outra complicação potencial, embora seja considerado um risco baixo. Raramente, existe risco de infecção. Muito raramente, um órgão interno como a vesícula biliar pode ser inadvertidamente danificado. A orientação por ultrassom pré-procedimento minimiza significativamente esses riscos.
Se uma biópsia transjugular for realizada, um hematoma (coleção de sangue) pode se formar no local de inserção do cateter, levando à dor localizada. Ocasionalmente, este procedimento específico pode afetar os nervos, potencialmente resultando em efeitos temporários como pálpebra caída (ptose).