O transplante de células-tronco não é uma opção de tratamento necessária ou adequada para todo paciente com leucemia aguda. A decisão para o transplante é tomada avaliando fatores como a contagem de glóbulos brancos no início da doença, a resposta à terapia de indução da remissão, o estado de doença residual mínima e o tipo de mutações genéticas detectadas. Com base nesses dados, o grupo de risco do paciente é determinado. Em pacientes de alto risco, o transplante alogênico de células-tronco de um irmão ou de um doador não aparentado compatível é preferido. Amostras de sangue são coletadas do paciente agendado para o transplante e de potenciais doadores para avaliar a compatibilidade tecidual, e a decisão final do transplante é tomada de acordo com o grau de compatibilidade.