Orquite e epididimo-orquite podem se tornar crônicas se não forem tratadas de forma oportuna e adequada. Em casos crônicos, ataques dolorosos e inflamatórios periódicos podem ocorrer. Uma infecção não tratada pode progredir para a formação de um abscesso, o que pode então requerer intervenção cirúrgica. Particularmente em homens jovens, o bloqueio dos ductos epididimários causado pela epididimite pode levar a danos permanentes e infertilidade.