O sistema de neuronavegação é utilizado principalmente nos seguintes procedimentos cirúrgicos dentro da Neurocirurgia (Cirurgia do Cérebro, Nervos e Medula Espinhal):

* Cirurgias de tumores cerebrais
* Cirurgias para hemorragias intracranianas
* Tratamento cirúrgico de doenças cerebrovasculares, como Malformações Arteriovenosas (MAVs)
* Cirurgias de Estimulação Cerebral Profunda (DBS) para a doença de Parkinson e condições semelhantes relacionadas a tremores
* Cirurgias da coluna vertebral e colocação precisa de implantes (parafusos, hastes, etc.) na coluna
Além disso, o sistema de neuronavegação também pode ser empregado em certos procedimentos cirúrgicos ortopédicos.