न्यूरोनेविगेशन प्रणाली मुख्य रूप से न्यूरोसर्जरी (मस्तिष्क, तंत्रिका और रीढ़ की हड्डी की सर्जरी) के भीतर निम्नलिखित सर्जिकल प्रक्रियाओं में उपयोग की जाती है:

* मस्तिष्क ट्यूमर की सर्जरी
* इंट्राक्रेनियल रक्तस्राव के लिए सर्जरी
* सेरेब्रोवास्कुलर रोगों, जैसे आर्टेरियोवेनस मैलफॉर्मेशन (AVM) का सर्जिकल उपचार
* पार्किंसंस रोग और कंपन-संबंधी अन्य स्थितियों के लिए डीप ब्रेन स्टिमुलेशन (DBS) सर्जरी
* रीढ़ की हड्डी की सर्जरी और रीढ़ में प्रत्यारोपण (स्क्रू, रॉड आदि) का सटीक स्थान निर्धारण
इसके अतिरिक्त, न्यूरोनेविगेशन प्रणाली का उपयोग कुछ आर्थोपेडिक सर्जिकल प्रक्रियाओं में भी किया जा सकता है।