A endoscopia é tipicamente um procedimento planeado e bem tolerado. Pode ser realizada com segurança na maioria dos pacientes, com uma avaliação apropriada da sua condição médica individual. Por exemplo, indivíduos com pacemakers podem ser submetidos a endoscopia sob monitorização contínua do ritmo cardíaco. No entanto, a endoscopia é geralmente contraindicada em pacientes com obstruções conhecidas ou suspeitas do trato gastrointestinal ou disfagia grave (dificuldade em engolir).