Die Endoskopie ist typischerweise ein geplanter und gut verträglicher Eingriff. Sie kann bei den meisten Patienten nach entsprechender Beurteilung ihres individuellen Gesundheitszustandes sicher durchgeführt werden. Zum Beispiel können Personen mit Herzschrittmachern eine Endoskopie unter kontinuierlicher Überwachung des Herzrhythmus erhalten. Jedoch ist die Endoskopie im Allgemeinen bei Patienten mit bekannten oder vermuteten Obstruktionen des Magen-Darm-Trakts oder schwerer Dysphagie (Schluckbeschwerden) kontraindiziert.