Durante o procedimento de EMG, estímulos elétricos inofensivos e de baixa frequência são aplicados ao corpo. Estes estímulos geralmente não causam dor. O nível de desconforto causado pelos eletrodos de agulha estéreis de uso único inseridos nos músculos também é tipicamente muito leve. Raramente, pequenos sangramentos subcutâneos ou hematomas leves podem ocorrer nos locais de inserção da agulha.