A resposta ao tratamento com esteroides durante os ataques de febre é considerada um critério diagnóstico importante. Culturas de garganta nesses pacientes tipicamente não mostram crescimento de estreptococos beta-hemolíticos; no entanto, sua presença não exclui a síndrome. O diagnóstico de PFAPA deve ser considerado em uma criança que experimenta pelo menos três ataques de febre regulares e periódicos, com duração inferior a sete dias. Esses ataques devem ser acompanhados por faringite e inchaço doloroso da garganta ou úlceras aftosas na boca. Além disso, a criança deve exibir crescimento e desenvolvimento normais, parecer saudável entre os ataques e mostrar resolução dos sintomas após uma dose única de tratamento com esteroides, sendo todas estas pistas diagnósticas. Os ataques de febre geralmente duram de 4 a 8 anos; sua frequência diminui à medida que a criança cresce e, eventualmente, se resolvem espontaneamente.