Embora a endoscopia por cápsula possa tecnicamente visualizar todo o trato gastrointestinal da boca ao ânus, ela é otimizada principalmente para a avaliação do intestino delgado. Em regiões com lúmen mais largo, como o estômago e o intestino grosso, a passagem rápida da cápsula pode dificultar a obtenção de imagens suficientes e detalhadas. A endoscopia e colonoscopia padrão oferecem ao médico a capacidade de expandir o lúmen do órgão com insuflação de ar, irrigar áreas sujas e examinar minuciosamente regiões suspeitas de vários ângulos. Além disso, esses métodos permitem intervenções diagnósticas e terapêuticas, como a realização de biópsias e a interrupção de sangramentos. A endoscopia por cápsula não oferece essas capacidades de intervenção. Por essas razões, a endoscopia e a colonoscopia são geralmente métodos superiores para o diagnóstico de patologias do esôfago, estômago, duodeno, íleo terminal e intestino grosso. No entanto, em casos em que procedimentos endoscópicos padrão não podem ser realizados devido a fatores como idade avançada ou comorbidades, a endoscopia por cápsula pode oferecer uma contribuição alternativa para a imagem desses órgãos.