Bien que l'endoscopie capsulaire puisse techniquement visualiser l'ensemble du tractus gastro-intestinal de la bouche à l'anus, elle est principalement optimisée pour l'évaluation de l'intestin grêle. Dans les régions à lumière plus large, comme l'estomac et le gros intestin, le passage rapide de la capsule peut rendre difficile l'obtention d'images suffisantes et détaillées. L'endoscopie et la coloscopie standard offrent au médecin la possibilité de dilater la lumière de l'organe par insufflation d'air, d'irriguer les zones souillées et d'examiner minutieusement les régions suspectes sous différents angles. De plus, ces méthodes permettent des interventions diagnostiques et thérapeutiques telles que la réalisation de biopsies et l'arrêt des saignements. L'endoscopie capsulaire n'offre pas ces capacités d'intervention. Pour ces raisons, l'endoscopie et la coloscopie sont généralement des méthodes supérieures pour le diagnostic des pathologies de l'œsophage, de l'estomac, du duodénum, de l'iléon terminal et du gros intestin. Cependant, dans les cas où les procédures endoscopiques standard ne peuvent être réalisées en raison de facteurs tels que l'âge avancé ou des comorbidités, l'endoscopie capsulaire peut apporter une contribution alternative à l'imagerie de ces organes.