स्टेम सेल थेरेपी विभिन्न स्थितियों के उपचार में उपयोग की जाने वाली एक विधि है। विशेष चिकित्सा विषयों जैसे ऑर्थोपेडिक्स, ट्रॉमेटोलॉजी और डर्मेटोलॉजी में, आमतौर पर रोगी की अपनी स्टेम सेल (ऑटोलॉगस) का उपयोग किया जाता है, और किसी अन्य व्यक्ति से ली गई स्टेम सेल (एलोजेनिक) को प्राथमिकता नहीं दी जाती है। हालांकि, कुछ उपचार प्रोटोकॉल में, जैसे अस्थि मज्जा प्रत्यारोपण, एक उपयुक्त दाता से प्राप्त एलोजेनिक स्टेम सेल का उपयोग करना संभव है।