Kök hücre tedavisi, çeşitli rahatsızlıkların tedavisinde uygulanan bir yöntemdir. Ortopedi ve Travmatoloji ile dermatoloji gibi belirli tıbbi disiplinlerde, genellikle hastanın kendi kök hücreleri (otolog) kullanılmakta olup, başka bir kişiden alınan kök hücreler (allojenik) tercih edilmemektedir. Ancak, kemik iliği nakli gibi belirli tedavi protokollerinde, alıcıya uygun donörden (allojenik) alınan kök hücrelerin kullanılması mümkündür.