बोन मैरो बायोप्सी मुख्य रूप से विभिन्न बोन मैरो और रक्त विकारों के अंतर निदान के लिए की जाती है। इसके संकेत इनमें शामिल हैं, लेकिन इन्हीं तक सीमित नहीं हैं:
* लगातार एनीमिया की जाँच करना जो मानक उपचारों के प्रति प्रतिरोधी है और पोषण संबंधी कमियों (उदाहरण के लिए, आयरन, B12, फोलिक एसिड) के कारण नहीं है।
* श्वेत रक्त कोशिका (ल्यूकोपेनिया या ल्यूकोसाइटोसिस) और प्लेटलेट (थ्रोम्बोसाइटोपेनिया या थ्रोम्बोसाइटोसिस) की असामान्य संख्या का मूल्यांकन करना, अक्सर एनीमिया के साथ।
* बोन मैरो को प्रभावित करने वाले चयापचय रोगों, जैसे ग्लाइकोजन भंडारण रोगों का निदान करना।
* लिंफोमा का स्टेजिंग करना और ठोस अंग कैंसर के बोन मैरो में मेटास्टेसिस का आकलन करना।
* एप्लास्टिक एनीमिया और मायलोडिस्प्लास्टिक सिंड्रोम सहित बोन मैरो फेलियर सिंड्रोम का निदान करना।