हमारी प्रतिरक्षा प्रणाली शरीर की अपनी कोशिकाओं को पहचानती है और उन पर प्रतिक्रिया नहीं करती है। हालांकि, जब किसी अन्य व्यक्ति की कोशिकाएं (रक्त, अंग, आदि) शरीर में प्रवेश करती हैं, तो प्रणाली तुरंत उन्हें विदेशी के रूप में पहचानती है और उन्हें शरीर से बाहर निकालने के लिए एक रक्षात्मक प्रतिक्रिया शुरू करती है। जिस तरह शरीर रोगाणुओं पर प्रतिक्रिया करता है, उसी तरह प्रत्यारोपित अंग के खिलाफ भी वही रक्षा तंत्र सक्रिय होता है। शरीर की यह प्रतिक्रिया, जो प्रत्यारोपित अंग को नुकसान पहुंचाती है, "ऊतक अस्वीकृति" या "रिजेक्शन" कहलाती है।
ऊतक अस्वीकृति एक गंभीर स्थिति है जो अंग और ऊतक प्रत्यारोपण में हो सकती है। यदि इसका शीघ्र निदान और उपचार नहीं किया जाता है, तो इससे प्रत्यारोपित अंग या ऊतक के कार्य का नुकसान (मृत्यु) हो सकता है। ऊतक अस्वीकृति को रोकने के लिए, अंग प्रत्यारोपण प्राप्तकर्ता इस प्रतिरक्षा प्रणाली प्रतिक्रिया को दबाने के लिए आजीवन इम्यूनोसप्रेसिव दवाओं का उपयोग करते हैं। इस प्रक्रिया को "इम्यूनोसप्रेशन" कहा जाता है।
इन दवाओं के बावजूद, कभी-कभी ऊतक अस्वीकृति विकसित हो सकती है। इस स्थिति को प्रत्यारोपित अंग (जैसे यकृत) के कार्यों में कमी और बायोप्सी में ऊतक अस्वीकृति से संबंधित निष्कर्षों का पता चलने से पहचाना जाता है। इस तरह के तीव्र अस्वीकृति एपिसोड का आमतौर पर सफलतापूर्वक इलाज किया जाता है, और रोगी की स्थिति सामान्य हो जाती है।