क्लाइनफेल्टर सिंड्रोम में देखा गया अतिरिक्त X गुणसूत्र, लगभग 60% मामलों में माँ से और 40% मामलों में पिता से उत्पन्न होता है। यह स्थिति आनुवंशिक विरासत नहीं है जहाँ माता-पिता वाहक हों, और न ही इसे नियमित माता-पिता के रक्त परीक्षणों से पता लगाया जा सकता है। यह आमतौर पर अंडाणु या शुक्राणु कोशिकाओं के निर्माण के दौरान होने वाली गुणसूत्र विभाजन त्रुटियों के परिणामस्वरूप होता है। उन मामलों में जहाँ अतिरिक्त X गुणसूत्र माँ से उत्पन्न होता है, उन्नत मातृ आयु (>35) एक महत्वपूर्ण जोखिम कारक है। उदाहरण के लिए, जहाँ 33 वर्षीय माँ के बच्चे में 47,XXY का जोखिम लगभग 1/2500 है, वहीं 43 वर्षीय माँ के बच्चे के लिए यह जोखिम बढ़कर 1/300 हो जाता है। हाल के अध्ययनों से यह भी पता चलता है कि वृद्ध पिताओं के शुक्राणु में अतिरिक्त X गुणसूत्र होने की संभावना बढ़ जाती है, जो सिंड्रोम के जोखिम को भी प्रभावित कर सकता है।