क्लौस्ट्रोफ़ोबिया, अन्य विशिष्ट फोबिया की तरह, मस्तिष्क के कुछ क्षेत्रों में अतिसक्रियता से जुड़ा है। जबकि क्लौस्ट्रोफ़ोबिया के सटीक कारण व्यक्तियों के बीच भिन्न होते हैं और पूरी तरह से समझ में नहीं आते हैं, कई सिद्धांत संभावित उत्पत्ति का प्रस्ताव करते हैं।

बचपन का आघात
यह माना जाता है कि बचपन के आघात जैसे पर्यावरणीय कारक क्लौस्ट्रोफ़ोबिया के विकास में योगदान करते हैं। उदाहरण के लिए, बचपन में दंड के रूप में या अन्य कारणों से बंद जगह में बंद कर दिए जाने जैसे अनुभव, किसी व्यक्ति को बाद में जीवन में क्लौस्ट्रोफ़ोबिया विकसित करने के लिए प्रेरित कर सकते हैं।

निकट-स्थान की धारणा
मस्तिष्क निकट और दूर के स्थानिक बोध को अलग-अलग ढंग से संसाधित करता है। शरीर के करीब स्थित या पास आ रही वस्तुओं के जवाब में विशिष्ट न्यूरॉन्स सक्रिय होते हैं। अधिकांश व्यक्ति निकट स्थान में वस्तुओं को देखते समय थोड़ा बाईं ओर धारणा संबंधी पूर्वाग्रह प्रदर्शित करते हैं, जो दूर की वस्तुओं के लिए दाईं ओर स्थानांतरित हो जाता है। जिस दर से यह पूर्वाग्रह दूरी बढ़ने पर बाएं से दाएं स्थानांतरित होता है, उसे निकट स्थान के कथित आकार के लिए एक संकेतक के रूप में इस्तेमाल किया जा सकता है। क्लौस्ट्रोफ़ोबिया इस 'व्यक्तिगत स्थान' के भीतर अवधारणात्मक अंतर से उत्पन्न हो सकता है। उदाहरण के लिए, 2011 के एक अध्ययन ने व्यापक कथित निकट-स्थान और अधिक गंभीर क्लौस्ट्रोफ़ोबिया के बीच एक संबंध देखा।

आनुवंशिक प्रवृत्ति
एक आनुवंशिक घटक भी क्लौस्ट्रोफ़ोबिया के अंतर्निहित हो सकता है। 2013 के एक अध्ययन में, क्लौस्ट्रोफ़ोबिया वाले व्यक्तियों में GPM6A जीन में एक उत्परिवर्तन की उच्च घटना की पहचान की गई, जो एक संभावित आनुवंशिक प्रवृत्ति का सुझाव देती है।